Jerome sinh ra ở Ajaccio, Corsica, là người con thứ 8 và cuối cùng (con trai thứ năm sống đến tuổi trưởng thành) của Carlo Buonaparte và vợ Letizia Ramolino. Các anh chị của ông gồm: Joseph Bonaparte, Napoleon Bonaparte, Lucien Bonaparte, Elisa Bonaparte, Louis Bonaparte, Pauline Bonaparte và Caroline Bonaparte.

Ông theo học tại Trường Cao đẳng Công giáo Juilly và Trường Cao đẳng Lay tại Irish College ở Paris[4], và sau đó phục vụ trong Hải quân Pháp trước khi đến Hoa Kỳ. Vào đêm Giáng sinh ngày 24/12/1803, Jerome lúc đó 19 tuổi đã kết hôn với Elizabeth "Betsy" Patterson (1785 - 1879) lúc ấy 18 tuổi, là con gái của một chủ tàu và thương gia giàu có, William Patterson, ở Baltimore (thành phố lớn thứ 3 của Mỹ).

Người anh trai Napoleon Bonaparte lúc đó là Đệ nhất Tổng tài của Đệ Nhất Cộng hòa Pháp không chấp nhận cuộc hôn nhân của em trai Jerome và Elizabeth, nên ông đã thuyết phục Giáo hoàng Piô VII huỷ bỏ sự công nhận của cuộc hôn nhân này, tuy nhiên Giáo hoàng đã từ chối, vì vậy ông đã tự mình đơn phương tuyên bố không công nhận (theo một sắc lệnh của Đệ Nhất Đế chế Pháp, vào ngày 11/03/1805 - lúc đó Napoleon đã là Hoàng đế). Vào thời điểm đó Jerome đang cùng vợ trên đường từ Mỹ về châu Âu, lúc ấy Elizabeth đang mang thai đứa con đầu lòng. Họ đã đáp tàu đến Bồ Đào Nha một quốc gia đang trung lập, và từ đây Jerome lên đường để đến Ý hòng thuyết phục anh trai công nhận cuộc hôn nhân. Elizabeth đã cố gắng đi thuyền đến Amsterdam với hy vọng được đặt chân đến Pháp bằng đường bộ để đứa con của họ được sinh ra trên đất Pháp, nhưng Hoàng đế Napoleon I đã cấm con tàu vào bến cảng. Elizabeth phải đến Vương quốc Anh và đứa con đầu lòng của họ là Jérôme Napoléon Bonaparte (1805–1870) đã được sinh ra ở đó.

Vì Hoàng đế Napoleon quá kiên quyết nên Jerome đã phải phục tùng theo yêu cầu là di hôn với Elizabeth, sau đó cô và con trai đã trở về Mỹ. Đến năm 1815 Elizabeth mới tuyên bố ly hôn với Jerome theo một sắc lệnh và đạo luật đặc biệt của Quốc hội Bang Maryland.